Os benefícios e ganhos obtidos com o uso dos Regimes Aduaneiros Especiais são subdivididos em tangíveis e os intagíveis e variam de acordo com o Regime escolhido. Porém, podemos dizer que, em linhas gerais, os principais ganhos são:

- Importação com suspensão e/ou isenção de impostos. No Recof, compras nacionais com a suspensão do IPI;
- Redução das tarifas da Infraero;
- Ganhos no fluxo de caixa;
- Redução do inventário;;
- Admite a transferência de beneficiários ou a co-habilitação de fornecedores;
- Suspensão dos tributos se transforma em isenção na exportação;
- Retificação da DI de admissão após conferência física;
- Redução no tempo de desembaraço;
- Redução do impacto perante greves ou operação padrão;
- Melhoria de processos internos devido aos controles que deverão ser implementados junto com o RECOF;
- Melhor imagem corporativa frente a SRF;
- Flexibilização do processo de comércio exterior.